Avec les procédures appliquées aujourd'hui en chirurgie réfractive les risques sont généralement extrêmement limités. S'il est vrai que des complications sévères ont été rapportées dans la littérature scientifique, elles sont extrêmement rares. Mais, comme c'est le cas pour toute intervention médicale, un risque résiduel ne peut jamais être exclu complètement.

Dans des cas exceptionnels, des problèmes apparaissent lors de la formation du volet cornéen (flap) et le traitement au laser doit être remis à plus tard, sans autre conséquence (risque inférieur à 5%).

Des problèmes peuvent survenir dans des cas exceptionnels lors du processus de guérison, et le volet cornéen doit être relevé une nouvelle fois pour traiter la surface postérieure de la lamelle de cornée ainsi que la surface cornéenne déjà traitée.

Avec les procédés PKR, LASEK et EPI-LASIK, des cicatrices peuvent se former à la surface de la cornée dans de rares cas, ce qui peut rendre obligatoire un nouvelle intervention. Dans de très rares cas, ces cicatrices restent de façon permanente et peuvent alors amener une diminution de la vue.